За шест деценија трајања, време, промене пословних и других околности утицале су на метаморфозу функционалне организације Рударског института. Организациону структуру Института данас чини шест јединица одговорних за успешност организације рада, реализацију послова и финансијске резултате:
- Завод за пројектовање експлоатације лежишта минералних сировина
- Завод (са лабораторијом) за припрему минералних сировина и пројектовање
- Лабораторија за заштиту животне и радне средине
- Лабораторија за геомеханику
- Лабораторија за чврста горива
- Менаџмент и заједничке службе