U blizu šest decenija trajanja, vreme, promene poslovnih i drugih okolnosti uticale su na metamorfozu funkcionalne organizacije Rudarskog instituta. Organizacionu strukturu Instituta danas čini šest jedinica odgovornih za uspešnost organizacije rada, realizaciju poslova i finansijske rezultate:

  • Zavod za projektovanje eksploatacije ležišta mineralnih sirovina
  • Zavod (sa laboratorijom) za pripremu mineralnih sirovina i projektovanje
  • Laboratorija za zaštitu životne i radne sredine
  • Laboratorija za geomehaniku
  • Laboratorija za čvrsta goriva
  • Menadžment i zajedničke službe