U blizu šest decenija trajanja, vreme, promene poslovnih i drugih okolnosti uticale su na metamorfozu funkcionalne organizacije Rudarskog instituta. Organizacionu strukturu Instituta danas čini šest jedinica odgovornih za uspešnost organizacije rada, realizaciju poslova i finansijske rezultate:
- Zavod za projektovanje eksploatacije ležišta mineralnih sirovina
- Zavod (sa laboratorijom) za pripremu mineralnih sirovina i projektovanje
- Laboratorija za zaštitu životne i radne sredine
- Laboratorija za geomehaniku
- Laboratorija za čvrsta goriva
- Menadžment i zajedničke službe
