У близу шест деценија трајања, време, промене пословних и других околности утицале су на метаморфозу функционалне организације Рударског института. Организациону структуру Института данас чини шест јединица одговорних за успешност организације рада, реализацију послова и финансијске резултате:

  • Завод за пројектовање експлоатације лежишта минералних сировина
  • Завод (са лабораторијом) за припрему минералних сировина и пројектовање
  • Лабораторија за заштиту животне и радне средине
  • Лабораторија за геомеханику
  • Лабораторија за чврста горива
  • Менаџмент и заједничке службе